Győrtől 10, Mosonmagyaróvártól 50 km-re található.
Kisbajcs Győr-Moson-Sopron megye északkeleti részén, Győrtől mintegy 2 km távolságra északkeleti irányban fekszik. Természetföldrajzilag a Szigetköz délkeleti szegletében helyezkedik el ott, ahol a Mosoni-Duna és az Öreg-Duna már közelítenek egymáshoz. A két folyó áradása a történelem folyamán nagyon sokszor gátat szabott a földművelésnek, ezenkívül a magas belvízszinttel is szembe kellett nézni. A meglehetősen nedves természeti környezet ugyanakkor egyes speciális tevékenységek (például zöldségtermesztés, állattenyésztés) hazai kialakulását tették lehetővé. A falu közlekedésföldrajzi helyzete Győr közelsége miatt kedvező. Kisbajcsot Győrből a Nagybajcs felé vezető mellékútvonalon érhetjük el mind személygépkocsival, mind pedig az óránként közlekedő autóbuszokkal.
A település mai arculatát az 1954-es pusztító árvíz után kapta, amikor a lakóházak többsége újjáépült, így itt nem találunk annyi hagyományos parasztházat, mint más településeken.
